《中華人民共和國自然保護區條例》規定：自然保護區分為核心區、緩沖區和實驗區。核心區禁止任何單位和個人進入;核心區外圍可以劃定一定面積的緩沖區，只準進入從事科學研究觀測活動;緩沖區外圍劃為實驗區，可以進入從事科學試驗、教學實習、參觀考察、旅游以及馴化(繁殖)珍稀(瀕危)野生動植物等活動。

既然如此，為什么有的小水電站會位于自然保護區的緩沖區甚至核心區呢?是因為小水電站業主們罔顧法律嗎?當然不是，大多數情況是，電站建好以后，自然保護區才設立。還有一種情況是，由于過去資源開發理念落后、政策寬松，部分小水電站確實是在《中華人民共和國自然保護區條例》頒布實施后開工建設的。

隨著國家生態文明建設的不斷推進，位于自然保護區的小水電站顯得無處安放。近年來，安徽岳西、甘肅祁連山、湖南壺瓶山等地紛紛出臺整治方案，但具體如何處理，爭議尚存。

不過有一點是明確的，那就是要進行分類處理，不能一概而論。《四川省自然保護區小水電問題整改工作方案》就提出，“堅持實事求是，因案施策，兼顧難易程度，輕重緩急，突出工作重點，分類處置，該關停的堅決關停，該退出的堅決退出，該整改的堅決整改到位”，并在“分類分階段推進整改”下分出“在國家級、省級自然保護區核心區和緩沖區內的項目”、“在國家級、省級自然保護區實驗區內的項目”和“在省級以下自然保護區內的項目”三點，且每一點下又再細分，真正做到“因案施策，分類處置”。

還有一點也是十分明確的，那就是，違法建設項目，一律拆除并實施生態修復?！堕L江經濟帶小水電無序開發環境影響評價管理專項清理整頓工作方案》就明確提出，“位于自然保護區核心區或緩沖區，且是《中華人民共和國自然保護區條例》1994年頒布實施后開工建設的”一律拆除。但一些地方，行政亂作為，執法粗暴，是值得注意的。

所以，爭議主要集中在如何處理《中華人民共和國自然保護區條例》頒布實施前開工建設的項目和違規審批的項目。

在自然保護區設立之前已存在的合法項目，《四川省自然保護區小水電問題整改工作方案》提出，“應由地方政府根據電站建設及運行情況，一站一策，逐一制定補償和退出方案，在保證投資人合法權益的前提下，完成大部分拆除，并實施生態修復”。貴州省民營水電行業商會會長葉行地也指出，“應按法律的程序，采用平等協商的手段，依法按市場經濟規律予以解決”。

對于違規審批的項目，爭議主要在于，這些項目是否具有事實上的合法性?！端拇ㄊ∽匀槐Ｗo區小水電問題整改工作方案》提出，對于違規審批的項目，要進行評估和復核，未通過復核的，制定補償和拆除方案。葉行地卻有不同看法，他認為，多年來，這些小水電站一直由各級政府和各級部門管理著，年年納入上網電量計劃、處處符合管理部門的規范要求、時時交納國家稅收等等，是已經由當地政府和部門長期認可了的事實上合法的水電站。國際小水電中心歐傳奇則指出，這是由于“歷史上重建輕管、法律制度配套不夠、管理不到位、技術要求不盡明確”造成的，“應本著有問題解決問題的態度，給小水電改進和變綠的時間，避免過度調節”。

事實上，不管是位于自然保護區，還是位于經濟開發區，小水電都應該切實解決自身存在的問題，努力改進和變綠，如此，不論位于哪里都不會顯得無處安放。