補償方式是多種多樣的，取決于它們是屬于公共投資項目、自發組織的私人交易所得、按管制配額進行的交易，還是生態標識項目或碳補償項目的一部分。根據所涉及的生態服務種類，補償方案的實施規模也各不相同。控制沉淀物等與水資源有關的服務交易在地方或區域層次開展，而碳匯減緩協議，如通過《京都議定書》清潔發展機制引導的二氧化碳減排協議，則適用于全球層面。例如，在哥斯達黎加，水電公司向上游社區做出補償，以便不讓他們砍伐樹木。這一舉措很有經濟意義，因為森林砍伐破壞了土壤穩定性，并導致大壩淤積。或許存在這樣的機會，把目前生態系統服務的補償制度擴展到其他自然資源的可持續管理上。

（一）優化國土空間開發格局。國土是生態文明建設的空間載體，必須珍惜每一寸國土。要按照人口資源環境相均衡、經濟社會生態效益相統一的原則，控制開發強度，調整空間結構，促進生產空間集約高效、生活空間宜居適度、生態空間山清水秀，給自然留下更多修復空間，給農業留下更多良田，給子孫后代留下天藍、地綠、水凈的美好家園。加快實施主體功能區戰略，推動各地區嚴格按照主體功能定位發展，構建科學合理的城市化格局、農業發展格局、生態安全格局。提高海洋資源開發能力，發展海洋經濟，保護海洋生態環境，堅決維護國家海洋權益，建設海洋強國。
（二）全面促進資源節約。節約資源是保護生態環境的根本之策。要節約集約利用資源，推動資源利用方式根本轉變，加強全過程節約管理，大幅降低能源、水、土地消耗強度，提高利用效率和效益。推動能源生產和消費革命，控制能源消費總量，加強節能降耗，支持節能低碳產業和新能源、可再生能源發展，確保國家能源安全。加強水源地保護和用水總量管理，推進水循環利用，建設節水型社會。嚴守耕地保護紅線，嚴格土地用途管制。加強礦產資源勘查、保護、合理開發。發展循環經濟，促進生產、流通、消費過程的減量化、再利用、資源化。
（三）加大自然生態系統和環境保護力度。良好的生態環境是人和社會持續發展的根本基礎。要實施重大生態修復工程，增強生態產品生產能力，推進荒漠化、石漠化、水土流失綜合治理，擴大森林、湖泊、濕地面積，保護生物多樣性。加快水利建設，增強城鄉防洪抗旱排澇能力。加強防災減災體系建設，提高氣象、地質、地震災害防御能力。堅持預防為主、綜合治理，以解決損害群眾健康突出環境問題為重點，強化水、大氣、土壤等污染防治。堅持共同但有區別的責任原則、公平原則、各自能力原則，同國際社會一道積極應對全球氣候變化。
（四）加強生態文明制度建設。保護生態環境必須依靠制度。要把資源消耗、環境損害、生態效益納入經濟社會發展評價體系，建立體現生態文明要求的目標體系、考核辦法、獎懲機制。建立國土空間開發保護制度，完善最嚴格的耕地保護制度、水資源管理制度、環境保護制度。深化資源性產品價格和稅費改革，建立反映市場供求和資源稀缺程度、體現生態價值和代際補償的資源有償使用制度和生態補償制度。積極開展節能量、碳排放權、排污權、水權交易試點。加強環境監管，健全生態環境保護責任追究制度和環境損害賠償制度。加強生態文明宣傳教育，增強全民節約意識、環保意識、生態意識，形成合理消費的社會風尚，營造愛護生態環境的良好風氣。